단백질 역학 시뮬레이션 연구를 지원하는 장기 분산 컴퓨팅 프로젝트인 폴딩앳홈(Folding@Home)에서 코로나19(COVID-19) 연구 지원을 위해 엑사플롭스 이상의 프로세싱 파워를 달성하며 코로나 19 해결에 돌파구를 마련했습니다. 크라우드 소싱으로 진행되고 있는 이 프로젝트의 연산 처리 능력은 자그마치 초당 1,00경을 넘는데요.
세계에서 가장 빠른 속도를 자랑하는 슈퍼컴퓨터인 서밋(Summit)은 27,000개 이상의 엔비디아 V100 GPU로 구동되며 약 150페타플롭스(초당 150조)의 연산처리능력을 갖춰 HPL-Al에서 벤치마킹할 때 445페타플롭스를 유지할 수 있습니다.
불과 며칠 만에 40만명에 달하는 게이머가 자신의 GPU자원을 기꺼이 기부하며 폴딩앳홈 슈퍼컴퓨터 프로젝트를 지원했습니다.
과학자들은 이에 힘입어 코로나19 단백질 역학을 분석해 바이러스를 무력화할 수 있는 약물 상호작용의 단서를 찾기 위해 노력하고 있죠.
그 중에서도 미국 세인트루이스의 워싱턴대학교(Washington University) 연구진들은 코로나19의 단백질 사슬이 고유한 3차원 구조를 형성하는 물리적 프로세스인 코로나19의 단백질 폴딩(folding)을 열심히 연구하고 있습니다.
워싱턴대 연구진은 ‘코로나 바이러스- 현 연구상황과 코로나19 퇴치에 기여할 수 있는 방법’이라는 사이트를 통해 “단백질 구조를 확인할 수 있는 방법은 여러가지입니다. 모두 좋은 방법이긴 하지만 문제는 단백질의 단편적인 형태만 볼 수 있다는 겁니다. 단백질을 보면 움직이는 부분이 많이 있는 것을 볼 수 있습니다. 그래서 단백질이 실제로 어떻게 움직이는지 정확하게 확인할 필요가 있습니다. 이 작업에 소요되는 연산량이 방대하다 보니 작은 도움도 큰 힘이 됩니다! 시뮬레이션을 한 번 실행하는 것은 마치 복권 한 장을 사는것과 같아서 복권을 여러 장을 살수록 잭팟을 터트릴 확률이 높아지는 것과 같은 원리입니다”라고 말했습니다.
폴딩앳홈은 분자 역학 시뮬레이션을 위해 GPU를 도입한 최초의 분산 컴퓨팅 프로젝트라고 합니다.
워싱턴대 연구진은 “일부 연산의 경우 GPU로 연산할 때 CPU대비 속도가 20배에서 30배까지 빨라진 것을 확인했습니다”라고 덧붙였습니다.
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